染色體免疫共沉淀( Chromatin Immunoprecipitation , ChIP )是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來的方法,也稱結(jié)合位點分析法,它能真實、完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白,是目前確定與特定蛋白結(jié)合的基因組區(qū)域或確定與特定基因組區(qū)域結(jié)合的蛋白質(zhì)的好方法,這項技術(shù)幫助研究者判斷在細(xì)胞核中基因組的某一特定位置會出現(xiàn)何種組蛋白修飾。ChIP技術(shù)和芯片技術(shù)的結(jié)合有利于確定全基因組范圍內(nèi)染色體蛋白的分布模式以及組蛋白修飾情況。該技術(shù)主要應(yīng)用于:1.組蛋白修飾研究 2.轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析 3.藥物開發(fā)研究 4.有絲分裂研究 5.DNA損失與凋亡分析。
真核生物的基因組DNA以染色質(zhì)的形式存在。因此,研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核生物基因表達(dá)機制的基本途徑。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)( chromatin immunoprecipitation assay , ChIP ) 是目前唯一研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。它的基本原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物,并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段,然后通過免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體,特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段,通過對目的片斷的純化與檢測,從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。ChIP與其他方法的結(jié)合,擴(kuò)大了其應(yīng)用范圍:ChIP與基因芯片相結(jié)合建立的ChIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選;ChIP與第二代測序技術(shù)相結(jié)合的ChIP-Seq技術(shù),能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段;RNA-ChIP用于研究RNA在基因表達(dá)調(diào)控中的作用。由此可見,隨著ChIP的進(jìn)一步完善,它必將會在基因表達(dá)調(diào)控研究中發(fā)揮越來越重要的作用。
ChIP的一般流程:
甲醛處理細(xì)胞---收集細(xì)胞,超聲破碎---加入目的蛋白的抗體,與靶蛋白-DNA復(fù)合物相互結(jié)合---加入ProteinA/G,結(jié)合抗體-靶蛋白-DNA復(fù)合物,并沉淀---對沉淀下來的復(fù)合物進(jìn)行清洗,除去一些非特異性結(jié)合---洗脫,得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物---解交聯(lián),純化富集的DNA-片斷---PCR分析或基因測序等。
ChIP技術(shù)的作用原理圖:
ChIP相關(guān)產(chǎn)品列表:
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本文部分摘自百度文庫