圖1.ChIP實驗原理圖

ChIP-Seq技術(shù)是將ChIP與第二代測序技術(shù)相結(jié)合，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子、輔助因子等互作的DNA區(qū)段。

首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，并對其進(jìn)行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進(jìn)行高通量測序。通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段信息。

圖2.ChIP-seq實驗流程圖

交聯(lián)通常利用甲醛來交聯(lián)，甲醛交聯(lián)DNA-蛋白質(zhì)連接是可逆的。但甲醛通常不能有效地使未與DNA直接結(jié)合的蛋白質(zhì)交聯(lián)。例如，轉(zhuǎn)錄因子或輔因子先通過蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用再與DNA相互作用，而甲醛不能很好地使他們穩(wěn)定交聯(lián)。對于這樣更復(fù)雜的交聯(lián)或動態(tài)相互作用的復(fù)合物交聯(lián)，應(yīng)考慮使用其他交聯(lián)劑來有效地穩(wěn)定蛋白質(zhì)。Diagenode的ChIPCross-link Gold與甲醛結(jié)合使用，是進(jìn)行錄因子或輔因子這種DNA-蛋白質(zhì)相互作用的最佳選擇。

染色質(zhì)制備是ChIP實驗成功的中的關(guān)鍵。染色質(zhì)制備的每個步驟（樣本起始量，交聯(lián)，細(xì)胞裂解、染色質(zhì)片段化）都需要進(jìn)行優(yōu)化，以獲得適合ChIP實驗的染色質(zhì)樣本。高質(zhì)量的染色質(zhì)樣本具有兩個特征：合適的片段大小和易于識別的ChIP表位。

Diagenode提供染色質(zhì)制備解決方案，Chromatin EasyShear試劑盒與Bioruptor超聲破碎儀結(jié)合使用，可以有效裂解細(xì)胞并對染色質(zhì)進(jìn)行片段化，同時使表位易于被抗體識別，這對于高效完成染色質(zhì)免疫沉淀至關(guān)重要。每個Chromatin EasyShear試劑盒都會根據(jù)特定實驗需求提供優(yōu)化的試劑和經(jīng)過充分驗證的實驗方案。

Chromatin EasyShear Kit技術(shù)特點：

• 經(jīng)Bioruptor驗證的高度優(yōu)化的染色質(zhì)制備方案；

• 推薦用于在ChIP之前優(yōu)化新細(xì)胞系/新樣品類型的染色質(zhì)片段化；

• 在ChIP之前制備染色質(zhì)的理想選擇；

• 試劑盒已通過ChIP-seq驗證，證實可獲得高質(zhì)量的的染色質(zhì)；

染色質(zhì)制備是ChIP分析的第一步。我們?yōu)镃hIP-seq實驗提供完整和優(yōu)化的解決方案，其中包括用于染色質(zhì)制備的所有緩沖液。為了獲得最佳結(jié)果，請選擇所需的ChIP試劑盒，然后選擇相應(yīng)的Chromatin EasyShear試劑盒（以優(yōu)化染色質(zhì)片段化）。Chromatin EasyShear試劑盒可以獨立于Diagenode的ChIP試劑盒使用，用于在ChIP實驗之前進(jìn)行染色質(zhì)制備。

下期精彩預(yù)告：

【ChIP-seq】免疫沉淀-ChIP/ChIP-seq級別抗體選擇

Diagenode公司2003年成立于比利時，是世界上生產(chǎn)表觀遺傳學(xué)產(chǎn)品的知名公司。是表觀遺傳學(xué)及二代、三代測序樣本前處理專家，表觀遺傳學(xué)、生物樣本制備和診斷、完整表觀遺傳學(xué)解決方案的領(lǐng)先供應(yīng)商。